Tymczasowe zarządzanie przedsiębiorstwem po śmierci przedsiębiorcy wiąże się z koniecznością wypełnienia obowiązków podatkowych nałożonych na dane przedsiębiorstwo, w tym również podatku dochodowego od osób fizycznych. Ustawa o zarządzie sukcesyjnym przedsiębiorstwem osoby fizycznej i innych ułatwieniach związanych z sukcesją przedsiębiorstw wprost w art. 49 stanowi, że: „Przedsiębiorstwo w spadku jest jednostką organizacyjną niemającą osobowości prawnej, będącą podatnikiem” oraz odwołuje się do przepisów definiujących podatnika z kilku innych ustaw (m.in.: PIT, CIT oraz VAT itd.). Oznacza to, że podatnikiem jest przedsiębiorstwo, a nie zarządca lub właściciele.
W chwili śmierci przedsiębiorcy przedsiębiorstwo w spadku wstępuje w prawa i obowiązki podatkowe tego przedsiębiorcy. Nie jest więc ono zobowiązane do złożenia deklaracji PIT za zmarłego przedsiębiorcę. Dla celów podatkowych używa NIP-u zmarłego przedsiębiorcy. Przedsiębiorstwo w spadku musi prowadzić księgi albo w postaci podatkowej księgi przychodów i rozchodów, albo w postaci ksiąg rachunkowych. Powinny one umożliwiać ustalenie dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, w tym za okres sprawozdawczy, a także uwzględniać w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych informacje niezbędne do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych. Na dzień rozpoczęcia prowadzenia działalności gospodarczej przez przedsiębiorstwo w spadku powinien zostać sporządzony wykaz składników majątku, wchodzących w jego skład. W okresie prowadzenia działalności gospodarczej przez przedsiębiorstwo w spadku jest ono również płatnikiem zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych, pobieranych z wynagrodzeń zatrudnionych pracowników i zleceniobiorców. Ciążą na nim obowiązki, dotyczące naliczenia, pobrania i przekazywania do właściwego organu zaliczek na podatek.
Do końca roku podatkowego, w którym zmarł przedsiębiorca, przedsiębiorstwo w spadku kontynuuje sposób opodatkowania według formy wybranej przez zmarłego (np.: karty podatkowej). W kolejnym roku podatkowym przedsiębiorstwo w spadku może zmienić formę opodatkowani PIT-em wybraną przez zmarłego przedsiębiorcę i wybrać formę opodatkowania na tych samych zasadach, jakie obowiązują osoby fizyczne. Przedsiębiorstwo w spadku może pomniejszyć dochód o stratę poniesioną, w tym także stratę, którą podniósł, a nie odliczył zmarły przedsiębiorca. Analogicznie jest w przypadku wydatków poniesionych na badania i rozwój. W przypadku amortyzacji podatkowej następuje kontynuacja-zarządca sukcesyjny uwzględnia wysokość odpisów oraz metodę amortyzacji wybraną przez zmarłego przedsiębiorstwa.